Op doorzichtige wijze, kunnen de SQL databases worden bewerkt via het menu "DATABASE" in het hulpprogramma TOOLS:
- Bladeren
- Filteren en Bladeren
- Dupliceren
- Export DBF Standaard
- Structuur aanpassen
Mercator laat toe om de te bewerken SQL Tabel te selecteren door het overeenstemmende DBF bestand te kiezen. Deze DBF tabellen dienen enkel om de beschikbare lijst van tabellen voor te stellen.Mercator zal altijd de overeenstemmende SQL tabel aanspreken. De wijzigingen van de tabelstructuur zullen altijd worden uitgevoerd via het hulpprogramma TOOLS. In eerste instantie, zal de wijziging worden doorgevoerd in de DBF tabel. Het hulpprogramma Tools zal er dan voor zorgen dat de wijzigingen worden overgeheveld naar de SQL database. Mercator is een toepassing die op een zeer soepele manier omgaat met het beheer van de database struktuur, want deze struktuur kan wijzigen in functie van de ingestelde functionaliteiten en/of de wensen van de gebruiker. Hierdoor moet Mercator, in vele onderdelen van het programma, de database nakijken of de velden wel aanwezig zijn. Deze test wordt steeds uitgevoerd op de DBF Structuur. Hierdoor is het dan ook aangewezen om enkel structuurwijzingen door te voeren via het hulpprogramma Tools en niet via de console van de SQL Server.(Deze keuze dringt zich op door het feit dat bij de desktop engine MSDE geen console beschikbaar is.)