De verbinding van de klanten op de SQL Server gebeurt via ODBC. De SQL Driver moet aanwezig zijn in het ODBC Configuratiescherm. Indien deze driver niet bestaat, kan deze worden ingesteld via het bestand SQLREDIS.EXE. (Dit auto-uitvoerbare geheel werkt in "Silence" modus. De gebruiker wordt niet op de hoogte gebracht van de evolutie van de installatie en niet van het einde van de installatie.)
De modus van ODBC verbinding wordt bepaald bij de migratie. Deze wordt bewaard in MERCATOR.DBC. Dit brengt met zich mee dat deze dezelfde is als voor alle gebruikers van eenzelfde Mercator configuratie. Het is dan van belang dat elke PC dezelfde ODBC instellingen heeft.
Standaard is enkel de installatie van de SQL Server nodig. Indien gewenst, kan een DSN wordt aangemaakt in het configuratiescherm van de ODBC en worden gebruikt voor de verbinding van Mercator SQL. In deze DSN, moeten instellingen als, login, paswoord, server, caracter conversie,... niet worden bepaald daar deze worden bepaald door Mercator bij de verbinding. De autentificatie modus moet steeds van het type "SQL Server" zijn.
Indien het gewenst is om instellingen voor de verbinding, bewaard in MERCATOR.DBC, , te wijzigen, kan dit op een eenvoudige manier worden uitgevoerd via TOOLS, menu "SQL Server / Wijzigen Verbinding".